近期,国家疾控传染病防控领域的专家在China CDC Weekly杂志发表国家致病菌识别网(China Pin)专题系列文章,通过六篇分析文章和应用报告,系统介绍了国家致病菌识别网的功能和使命。其中高通量测序技术对于识别网的功能实现,发挥了非常重要的作用。中国疾控中心传染病预防控制所阚飙所长在专刊的开篇前言文章中提到:“基因组测序技术的逐步应用,为病原体基因/基因组的检测和比对提供了海量的序列数据,微生物大数据时代已经到来!”。
传染性疾病监测可有效防止病原微生物的传入和传出,早期预警可有效应对突发公共卫生事件,做到早识别、早防控,为降低患病率、死亡率提供基础保障。传染病监测系统获得良好发展后,将增强对传染病暴发的早期察觉能力、早期识别能力,提高公共卫生信息资源的共享质量。
COVID-19 疫情等感染性疾病的新发、再发,对病原微生物诊断的准确性、实效性提出了更高要求。尽管高通量测序技术(也称下一代测序技术,NGS)技术起步晚、价格贵、普及度低,但具有高通量、高精度、快速等突出优势,未来应用前景广阔。
其中,基于NGS鉴别病原微生物的主要方法有两种,分别是宏基因组测序(metagenomic NGS,mNGS)和靶向测序(targeted NGS, tNGS)。
近年来,随着越来越多的临床研究和专家共识的发表,病原宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术在疑难、罕见感染性疾病诊断中的地位日益显著。
而相比广撒网、全捕获的mNGS技术,tNGS通过降低检测目标病原微生物数量,重点聚焦临床常见病原微生物,并通过特异性扩增排除人源核酸片段对检测灵敏度的影响,使得NGS病原检测更贴合临床常见病原种类相对固定、敏感性特异性要求高、检测成本控制要求高的实际需求。
此外,纳米孔测序技术(Nanopore)凭借其长度长、便携、无需样本扩增及实时测序等优势,使得检测时间相较NGS大幅下降,更进一步满足感染性疾病病原微生物检测对于检测时效性的高要求。
测序技术的进步为病原微生物检测带来更多的选择,但多种测序方法也意味着多种建库策略,建库的成功与否直接影响到测序质量,对操作人员的专业化要求高,需要经过系统培训和长期实践操作,不仅费时费力,且存在样本污染、文库质量不稳定等问题。
耐优生物EASY NGS PRE-SYSTEM全自动文库制备系统应市场需求而生,为mNGS病原体检测、tNGS、Nanopore等相关建库实验提供强有力的自动化解决方案。
耐优EASY NGS Pre-System 全自动文库制备系统是一款集成了移液模组、磁力纯化模组、PCR模组、热孵育模组和制冷模组的全自动移液工作站,适用于DNA、RNA样本的文库制备,可广泛适配全基因组测序、全外显子组测序、靶向捕获测序、转录组测序、宏基因组测序、纳米孔单分子测序技术(Nanopore)等二代和三代测序技术的建库流程。
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